脫鹽率是通過反滲透膜從設備進水中去除可溶性雜質濃度的百分比。脫鹽率＝(1－產水含鹽量/進水含鹽量)×100%。反滲透膜元件的脫鹽率在其制造成形時就已確定，脫鹽率的高與低取決于反滲透膜元件表面超薄脫鹽層的致密度，脫鹽層越致密那么它的脫鹽率就越高，同時產水量越低。反滲透對不同物質的脫除率主要由物質的結構和分子量所決定，進口反滲透膜元件對高價離及其復雜單價離子的脫除率可以超過99%，對單價離子如：鈉離子、鉀離子、氯離子的脫除率稍低，但也超過了98%；對分子量大于100的有機物脫除率也可達到98%。
影響反滲透脫鹽率的因素有：
◆離子價數
脫鹽率是隨著離子價數的增加而提高的，二價、三價鹽的脫鹽率也要高于單價鹽；
◆分子大小
脫鹽率隨分子直徑的增加而提高；
◆原水溫度
原水溫度升高時，由于水的粘度降低脫鹽率提高；
◆原水濃度
原水濃度提高時，脫鹽率下降；
◆工作壓力
工作壓力提高時，脫鹽率有所提高但不明顯；
◆PH值
酸性條件下雖然膜不容易堵塞，但脫鹽率要有所下降；
◆溶解氣體
可溶解性氣體在游離狀態下容易滲透而不脫除CO2、SO2、O2、Cl2、H2S等；
◆氫鍵趨勢
于含有強氫鍵的化合物，脫除率很低，如水、酚和氨等；（也正因此才實現脫除水中雜質和溶解物而達到與其他物質分離的目的；
◆有機物質
水中的有機物對膜有污染作用，有機物越多膜的性能越易變壞；
◆水的硬度
水的硬度越高膜越容易堵塞，對于高硬度水應先軟化處理，降低硬度再進反滲透；
◆固體顆粒
固體顆粒對反滲透膜的危害極大，必須進行預處理；
◆微生物
水中的微生物、細菌對膜有危害，必須進行預處理（本公司采用超率膜進行處理，在國內處于先進水平）；
◆氧化物
金屬氧化物進入反滲透不能進行自行清除，應定期化學藥物清除。
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